ปลาวาฬเป็นสัตว์จำพวกเลี้ยงลูกด้วยนม ดังนั้น มันจึงมีปอดแทนที่จะมีเหงือกสำหรับหายใจใต้น้ำได้เช่นปลาธรรมดา  ปลาวาฬต้องโผล่ขึ้นมาสูดดมหายใจใหม่ทุกๆ ๒๐ นาที จมูกของปลาวาฬอยู่ตอนส่วนบนของหัว เพื่อความสะดวกในการสูดอากาศเมื่อไผล่ขึ้นบนผิวน้ำ ในขณะดำน้ำจะมีกล้ามเนื้อพิเศษปิดรูจมูกของมันไว้เพื่อป้องกันไม่ให้น้ำเข้า จมูกของปลาวาฬติดต่อกับปอดโดยตรง ส่วนปากของมันนั้นไม่มีทางติดต่อกับปอดและจมูกของมันเลย ทั้งนี้เพื่อจะกันไม่ให้น้ำเข้าสู่ปอดในขณะที่มันอ้าปาก ใต้น้ำ               เนื่องจากปลาวาฬต้องโผล่ขึ้นมาหายใจบนผิวน้ำเสมอๆ นี่เอง ทำให้นักล่าปลาวาฬสามารถติดตามแหล่งที่อยู่ของมันได้ ขณะที่ปลาวาฬโผล่ขึ้นบนผิวน้ำ จะมีน้ำพุ่งขึ้นมาเป็นฝอยคล้ายน้ำพุ ซึ่งที่จริงไม่ใช้น้ำที่ปลาวาฬพ่นออกมาตามที่คนส่วนมากเข้าใจกัน แต่ในลมหายใจออกของปลาวาฬมีไอน้ำปนอยู่ด้วย เมื่อไอน้ำนี้กระทบกับความเย็นของอากาศบริเวณนั้นเข้า จึงรวมตัวกันเป็นหยดน้ำเล็กๆ พุ่งออกมาเป็นฝอยคล้ายน้ำพุ